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El 7 marzo de 1946, durante el gobierno de don Teodoro Picado, se creó el primer Código Electoral.
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El 7 de noviembre de 1949, se promulga la nueva Constitución Política. El Tribunal adquirió rango constitucional con independencia de todos los Poderes del Estado, asumiendo la dirección de los asuntos electorales y también la del Registro Civil, que pasó a ser de su exclusiva dependencia.
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El 30 de julio de 1950 las mujeres costarricenses, por primera vez, tuvieron acceso al sufragio, durante un plebiscito organizado para determinar si los caseríos de La Tigra y La Fortuna seguirían formando parte del cantón de San Ramón, o si pasaban a pertenecer al de San Carlos.
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El 8 de mayo de 1951, la Corte Suprema de Justicia procede a nombrar a los primeros Magistrados del Tribunal Supremo de Elecciones, siendo escogidos personas que ya habían fungido como encargados del órgano electoral.
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El Tribunal en junio de 1952 envía a la Asamblea Legislativa el proyecto de ley del nuevo Código Electoral. El 3 de diciembre de 1952, la Asamblea lo aprueba, convirtiéndose de esta manera en el segundo del país después de el de 1946 y se mantienen vigente desde esa fecha
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La Asamblea Legislativa envía en forma parcial la consulta de reforma de varios artículos del Código Electoral, iniciativa del diputado Edwin Muñoz Mora. Ante esta situación, el TSE no solo procede a exponer tal situación a la Asamblea, sino que somete a su conocimiento un proyecto de ley totalmente distinto al dictaminado con anterioridad, el cual fue aceptado y aprobado el 3 de julio de 1969 y publicado en La Gaceta número 129 del 8 de julio de ese mismo año
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En abril del 2008 el TSE y la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO) firmaron un acuerdo de
implementación relacionado con el proyecto “Promover ciudadanía activa: Proyecto para el fortalecimiento democrático y la participación electoral en Costa Rica".