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Period: 1536 to 1572
Resistencia Andina
Tras la muerte de Atahualpa , su medio hermano Manco Inca asumió la insignia real de los incas y se hizo un supuesto aliado de los Españoles , con el paso del tiempo este vio como los Españoles querían hasta la más pequeña semilla de oro y hasta se sintió presionado en varias ocasiones , tras la partida de Almagro a Chile este consideró que ya era hora de una rebelión incaica y escapó de la ciudad con la excusa de ir a buscar oro ,pero su finalidad era formar un gran ejército para expulsarlos -
Period: May 6, 1536 to Apr 18, 1537
Primer cerco del Cusco
A fines de mayo de 1536 Manco Inca logró reunir alrededor de 10 mil hombres logrando ya su primer paso cercaron el Cusco con sus hombres y se inició un enfrentamiento que duró meses,su escenario final y principal fue la Fortaleza de Sacsayhuamán , que al final fue recuperado por los Españoles.
En este enfrentamiento murieron Juan Pizarro , hermano de Francisco Pizarro , y Cahuide quien prefirió lanzarse de lo alto de una de las tres torres llamado Muyucmarca. -
Period: Aug 10, 1536 to Aug 26, 1536
Cerco de Lima
Pizarro tras enterarse de lo que sucedió mandó refuerzos , pero esto fue en vano porque al contrario estos fueron emboscados.Manco Inca quiso hacer un contraataque ,así que mandó tropas acompañadas de Quiso Yupanqui a Lima.Inés Huaylas , esposa de Pizarro , también quiso tomar cartas en el asunto así que se contactó con su madre , curaca de Huaylas , y pidió tropas que refuerzen a los Españoles , esto último fue de mucha ayuda ya que lograron eliminar las tropas Incaicas junto a Quiso Yupanqui. -
Jan 15, 1537
La batalla de Ollantaytambo
Los españoles lanzaron un ataque contra el cuartel general de Manco Inca en Ollantaytambo y la estrategia que usaron los incas para parar a los caballos fue inundar el valle Yucay.
Segundo cerco del Cusco: Manco Inca intentó obtener el Cusco por segunda vez , pero los hispanos lo sorprendieron con un contraataque.
Retirada de Manco Inca: Almagro y sus tropas regresaron , los incas al dejar los cultivos provocaron problemas en estos.
Manco Inca fue perseguido y escapó a la fortaleza de Vilcabamba -
Period: 1545 to 1558
Monarquía del Inca Sayri Túpac
Segundo Inca de Vilcabamba , hijo de Manco Inca y Cura Ocllo , hizo un mejor reinado y pactó aprovechosamente con el Virrey Andrés Hurtado de Mendoza para llegar a un acuerdo con las tierras y beneficios para los dos. Murió poco tiempo después del acuerdo , se encontraron sospechas de poder haber sido envenenado -
Period: 1558 to 1571
Monarquía del Inca Titu Cusi Yupanqui
El gobernador quiso parar la rebeldía del Inca Titu Cusi Yupanqui así que llegaron a un acuerdo nombrado "Capitulación de Acobamba" en 1566 , pero después de este episodio dejaron pasar a misioneros a la zona de Vilcabamba , dentro de poco este Inca murió y se les acusó a los españoles de un envenenamiento así que los indígenas mataron a todos los misioneros que habían ingresado. -
Period: 1571 to 1572
Inca Túpac Amaru I
Se produjo un enfrentamiento y lo lograron capturar al Inca , el juez Gabriel Loarte dictaminó su sentencia de muerte por cargos de tiranía y traición al rey. Su muerte le puso fin a la dinastía de reyes Incas.