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Llegó el vigésimo segundo obispo de la ciudad de Guadalajara Fray Antonio Alcalde y Barriga, el que contribuyó a la creación de la universidad.
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Después de que haya sido expedida la Real Cédula para su creación por el rey Carlos IV, la universidad abre sus puertas con las cátedras de medicina, derecho, teología y filosofía.
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En estos años existieron dificultades gracias a los enfrentamientos de liberales y conservadores durante las guerras de independencia y de reforma. La universidad experimentó cierres y reaperturas de forma constante, también pasó por muchos cambios de nombres como “Instituto de Ciencias del Estado”, “Universidad de Guadalajara” y “Universidad Nacional de Guadalajara”.
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Durante este periodo la universidad no pudo funcionar de manera adecuada. A pesar de los desafíos a los que se enfrentaban las escuelas de medicina, ingeniería, jurisprudencia, arte, oficio y los liceos pudieron continuar sus actividades de enseñanza, tanto media como superior.
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El gobernador de Jalisco Manuel Macario Diéguez fue el encargado de fundar esta escuela. Esto formaba parte del proyecto educativo liberal y laico.
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El gobernador de Jalisco José Guadalupe Zuno Hernández convocó la creación de esta comisión, conformada por Irene Robledo García, Severo Díaz Galindo, Agustín Basave del Castillo Negrete y Catalina Vizcaíno Reyes. Diseñaron los planes de estudio de todas escuelas y facultades. También fue creada la Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara en 1925.
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En sus primeros años la universidad (concebida como el bastión de la agencia, la cultura e intelectualidad) fue un espacio de convivencia entre las distintas corrientes de pensamiento de la época bajo la mirada de los rectores Enrique Diaz de León, Fernando Banda Iturrios, Jesús Delgadillo Araujo, Silvano Barba González, Juan Campos Kunhardt, Lucio Gutiérrez Ibarra, Saturnino Coronado Organista y Manuel Román Alatorre.
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Esta inauguración se llevó a cabo en el Teatro Degollado de la ciudad, donde asistieron profesores y estudiantes. Las instituciones que integraron la universidad fueron las facultades de medicina, ingeniería, jurisprudencia, farmacia, comercio, la escuela politécnica, Escuela Preparatoria de Jalisco, la Escuela Preparatoria de Señoritas, la Normal de Jalisco, etc. Se nombró rector a Enrique Díaz de León.
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Un movimiento estudiantil se opuso a las políticas de educación socialista. Por esta razón el gobernador Sebastián Allende clausuró la universidad y al año siguiente estableció la dirección de los estudios al estado de Jalisco.
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El Congreso del estado de Jalisco restauró nuevamente la Universidad de Guadalajara y se nombró al licenciado Constancio Hernández Alvirde como rector.
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La universidad durante esta época asumió el socialismo como ideología oficial. Tuvo como rectores a Rodolfo Delgado Delgado, Ignacio Jacobo Magaña, Luis Farah Mata y a Jorge Matuto Remus.
Se fundó en 1947 el Instituto Tecnológico, en 1948 la Escuela de Arquitectura y en 1949 la Facultad de Bellas Artes. -
El trabajo universitario adoptó un discurso orientado a las posturas inspiradas por la revolución mexicana, durante ese lapso la institución fue encabezada por José Barba Rubio Guillermo Ramírez Valadez, Roberto Mendiola Horta, Hugo Vasquez Reyes, José Ignacio Macías Salcedo, José Parres Arias y Rafael García de Quevedo.
Se creó la Escuela Vocacional, la Escuela de Trabajo Social, la Facultad de Filosofía y Letras, el Instituto de Ciencias Sociales y algunas escuelas preparatorias. -
Se aprobó la reforma Bachillerato Unitario y en 1974 inició transmisiones Radio Universidad de Guadalajara.
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Se tuvieron como rectores a Jorge Zambrano Villa y a Enrique Javier Alfaro Anguiano. Durante estos años comenzó la descentralización de la educación hacia las diferentes regiones del estado, como Ciudad Guzmán, Ocotlán, Autlán, Colotlán, Jalostotitlán, etc.
Se creó el Instituto de Estudios Sociales, el Instituto de Madera, Celulosa y Papel, el Departamento de Investigacion Científica y Superación Académica, etc. -
Fue dedicada al escritor Juan José Arreola.
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Este año el rector Raúl Padilla López presentó ante el consejo general el texto titulado “Red Universitaria en jalisco. Modelo Básico de organización”. Que contribuyó aún más a la descentralización de la educación en Jalisco.
La labor encabezada por sucesivos titulares de la rectoría general Victor Manuel González Romero, José Trinidad Padilla López, Carlos Briseño Torres y Marco Antonio Cortés Guardado fueron fundamentales para sentar cimientos y desarrollar la red universitaria. -
Hasta el año 2015, la universidad ya contaba con seis centros universitarios temáticos, nueve regionales, la universidad virtual y la educación media superior (66 escuelas preparatorias).