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Colegio Jesuitas Siglo XVII
Pedro Cabrera 1625-1626
Pedro Egurrola 1626-1630
Juan De Figueroa 1631-1632
Jorge Manrique 1633
Francisco Ríos De Soto 1634
Luis Gómez 1635-1636
Luis Suárez 1636-1637
José Gandia 1638-1640
Luis Sosa 1641
José Gandia 1642-1645
Alfonso Farfán 1646
Luis Suárez 1647-1652
Diego Osorio 1653-1654
José Gandia 1655-1657
Agustín Guzmán 1658-1659
Nicolás De Barreda 1660-1663 -
Colegio Jesuitas Siglo XVII
Agustín de Guzmán 1664
Juan Pascual 1665-1669
Juan Manuel De Gamboa 1670
Eugenio De Loza 1671-1673
Francisco Montero 1674
Francisco Javier De Faría 1675-1679
Domingo De Figueroa 1680
Juan De Roble 1681-1683
Juan Manuel De Gamboa 1684-1685
Felipe De Hinestrosa 1686-1688
José Díaz 1689-1692
Bernardo Rolandegui 1693-1695
Agustín de Roa 1696
Domingo Miguel 1697-1698
Diego Felipe De Mora 1699-1703 Con la transición al México independiente pasa de Colegio Jesuita a Colegio Civil. -
SIGLO XVIII
Nicolás Azoca 1704-1706
Antonio Gutiérrez 1707
Martín Lezama 1708-1710
Miguel De Rosell 1711-1713
Alonso Calvo 1714-1715
Ambrosio De Villacasín 1716
Alonso Calvo 1717-1718
Antonio De Mora 1719-1721
Francisco Ortíz 1722-1723
Pedro Sarmiento 1724
Antonio Casín 1725
Antonio De Paredes 1726-1728
José Antonio Navarrete 1729
Pedro León De Molina 1730-1732
Francisco Antonio Navarrete 1733-1735 -
SIGLO XVIII
José De Ascaní 1736-1738
Francisco Antonio Navarrete 1739
José Redona 1740-1747
Agustín de Carta 1748-1750
Antonio De Paredes 1751-1753
Ignacio Rondero 1754-1757
Juan José Ruiz De Castañeda 1758-1760
Salvador De La Candara 1761
Francisco Mariano Canvhez 1762-1763
Josquín José Isauzqui 1764
Diego Verdugo 1765
Andrés Lucena 1766
Diego José Abad 1767 -
COLEGIO CIVIL DEL ESTADO
Prospero C. Vega 1869 -gran benefactor-
Nicolás Campa 1869-1875
Benigno Frías 1876
Mariano Reyes 1880
Prospero C. Vega 1880-1883
Adolfo De La Isla 1893-1911
Salvador Alvarez 1911
José Antonio Septien 1911-1913
Luis M. Vega 1914
José Islas 1914-1917
Luis M. Vega 1917-1927
Luis F. Pérez 1928-1929
Leopoldo Aguilar 1929-1930
Luis M. Vega 1930-1931
Hazael Monter 1931-1932
Leopoldo Martínez Cosio 1932 -
Rectores de la Universidad Autónoma de Querétaro
1950- se clausuró el Colegio Civil y por iniciativa del Gobernador, Dr. Octavio S. Mondragón, se iniciaron los planes para crear la Universidad Autónoma de Querétaro. Fernando Díaz Ramírez 1951-1958-1963
Régimen autonómico de la Universidad.
José Alcocer Pozo 1958
Alberto Macedo Rivas 1964-1965
Hugo Gutiérrez Vega 1966-1967
Enrique Rabell Trejo 1967-1968
Salvador Septien Barron 1968-1970
Agapito Pozo Balbas 1970-1971
José Guadalupe Ramírez Alvarez 1971-1976 -
Rectores de la Universidad Autónoma de Querétaro
Enrique Rabell Fernández 1976-1979
Mariano Palacios Alcocer 1979-1982
Braulio Guerra Malo 1982-1988
Jesús Pérez Hermosillo 1988-1994
José Alfredo Zepeda Garrido 1994-2000
Dolores Cabrera Muñoz 2000-2006
Raúl Iturralde Olvera 2006-2012
Gilberto Herrera Ruiz 2012-2018
Margarita Teresa de Jesús García Gasca 2018
