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El Tahuantinsuyo, o comúnmente llamado Imperio Inca, sufre la captura de su emperador, Atahualpa, en 1532 a manos de Francisco Pizarro. Dos años después los españoles llegan a Cuzco, una ciudad indígena muy importante, y con su sometimiento se concluye la conquista.
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El rey Carlos V firma la creación del Virreinato del Perú en el 20 de Noviembre de 1542. En estos mismos años se libraba una guerra civil entre los conquistadores del Perú que se extendió hasta 1554, lo que hizo de estos años un periodo de inestabilidad política en la colonia.
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Francisco Álvarez de Toledo es nombrado virrey en 1569. Es él quien funda las bases para que el virreinato del Perú se volviera el más poderoso virreinato de las américas. Entre otras cosas, estableció la "Mita". Una forma de ley que regulaba el trabajo forzado impuesto a los indígenas.
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Los Incas no iban a dejar desvanecer su imperio tan fácil. Tras la caía de Cusco, un grupo de indígenas entre quienes estaban Tupac Amaru I y Titu Cusi Yupanqui se refugiaron en Vilcabamba. Sin embargo, Los españoles invadieron la ciudad en 1572 y, justo despúes de ser bautizado, fue ejecutado Tupac Amaru I en Cusco.
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El virreinato del Perú se sostuvo por mucho tiempo de la minería. Sin embargo, se estaban descubriendo nuevas industrias. El siglo XVII fue un tiempo de muchos cambios económicos. Hubo reformas tributarias y discrepancias con respecto a estas. Por todo un conjunto de razones políticas y económicas, el virreinato perdió parte de su poderío.
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Durante el siglo XVII el virreinato del Perú se terminó dividiendo en el Virreinato de Nueva Granada (1717) y el Virreinato de la Plata (1776). Esto responde a una serie de reformas borbonas llevadas a cabo durante el siglo. Además, las revoluciones burguesas (Francesa e Industrial) influyeron mucho en las colonias y terminaron restándole poder a las mismas en muchos sentidos.
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Tupac Amaru II fue todo un revolucionario. En 1781 se dictó una sentencia en su contra (sentencia de Areche). Esto tuvo muchas implicaciones para la nobleza indígena, pues las cartas establecían también medidas contra ellos que limitaban sus "derechos" y dieron inicio al fin de la nobleza Inca.
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El fin del dominio español en el actual Perú se dió en la batalla de Ayacucho, en 1824. Fueron líderes importantes principalmente Antonio José de Sucre y Simón Bolivar. Con esto, finalizó la colonia.
