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DEBUT LIGA MX
Con el Atlas Rafa Márquez debutó en la Primera División mexicana el 19 de octubre de 1996 frente a los Pumas de la UNAM cuando tenía 17 años. Su equipo estaba formado por jóvenes en el que eran conocidos como los niños héroes. -
DEBUT PRIMERA DIVISIÒN MONACO
Después de la Copa América Paraguay 1999, con 20 años, y siendo un jugador destacado en México, Márquez fue fichado por el AS Mónaco por 6 millones de dólares.11 Debutó con su nuevo club en la Ligue 1 el 14 de agosto de 1999 en el partido AS Mónaco 4-0 Bastia. En su primera temporada conquistó la Liga francesa.12 Además, fue distinguido como el defensa central ideal de la liga en la temporada 1999-2000. En el 2003 consiguió la Copa de la Liga de Francia. -
DEBUT BARCELONA
Márquez fichó con el F. C. Barcelona por 5 millones de euros en el verano de 2003.14 Debutó en la Primera División de España el 3 de septiembre de 2003 en el partido F. C. Barcelona 1-1 Sevilla. Su primer gol fue contra el Betis el 9 de noviembre de 2003. Tras una dura primera temporada, debido a las lesiones, en la que disputó solo 21 encuentros, a partir de 2004 se volvió titular del equipo y consiguió su primer título con el club, la Liga española 2004-05. -
NACIONALIDAD ESPAÑOLA
La temporada siguiente consiguió la Supercopa de España, revalidó el título de la Liga y ganó la Liga de Campeones de la UEFA; convirtiéndose así en el primer futbolista mexicano que tiene la Champions en su palmarés.
Fue concebido la nacionalidad española en noviembre de 2006 -
Red Bulls NY
tuvo varias ofertas de equipos de Europa, como la Juventus, Fiorentina y el Genoa, todos estos de Italia, pero al final firmó un contrato con el club New York Red Bulls de la Major League Soccer por la cifra de 3 millones de dólares por temporada para jugar con el francés y también exjugador de Barcelona, Thierry Henry. -
Leon LIGA MX
El 12 de diciembre de 2012 fichó por el Club León de la Liga MX.
Se proclamó campeón de la Liga MX como capitán del equipo y figura durante la liguilla el 15 de diciembre de 2013,32convirtiéndose así en el primer mexicano que gana 3 torneos en 3 países diferentes: Mónaco (Francia), Barcelona (España) y León (México) -
Volvio al atlas
El 18 de diciembre de 2015, tras días de negociaciones con el Hellas Verona, se anuncia el esperado regreso de Márquez al equipo que lo debutó, 16 años después de haber partido a Europa. A su llegada a México, firmará un contrato que lo vinculará a los rojinegros por un año con opción a otro año adicional.
El 20 de diciembre de 2016 firmó un año adicional con los rojinegros. El 19 de abril de 2018, Márquez anuncia que se retirará al terminar la temporada. -
RETIRO
El 19 de abril de 2018, Márquez anuncia que se retirará al terminar la temporada. Sin embargo, en ese verano, participó en la Copa Mundial de la FIFA Rusia 2018 con la Selección Mexicana. Márquez jugó su último juego en el Estadio Jalisco el 20 de abril de 2018 contra el Guadalajara, en una victoria del conjunto atlista por 1-0. La siguiente semana jugaría su último partido en competencias de clubes en el Estadio Hidalgo, con el Pachuca, en un partido que acabaría 0-0