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El presidente Gabriel García Moreno impulsó la construcción del ferrocarril, comenzando los trabajos en 1873. -
El primer tramo de la línea ferroviaria, entre Yaguachi y Milagro, fue inaugurado el 25 de junio de 1873. -
La conexión entre Guayaquil y Quito, conocida como el Ferrocarril Transandino, se completó en 1908 durante la presidencia de Eloy Alfaro. Esta línea fue inaugurada oficialmente el 25 de junio de 1908. -
Durante los años 1997 y 1998, el fenómeno de El Niño causó graves daños a la infraestructura ferroviaria, dejando varios tramos inoperativos. -
En el centenario de la inauguración del Ferrocarril Transandino, el gobierno de Rafael Correa lanzó un ambicioso proyecto de rehabilitación del ferrocarril, con el objetivo de revitalizarlo como una atracción turística y un medio de transporte. -
En 2013, se inauguró el Tren Crucero, un tren turístico de lujo que recorre la ruta entre Guayaquil y Quito, ofreciendo una experiencia cultural y paisajística. -
La renovada estación Eloy Alfaro en Duran se inauguró como parte de los esfuerzos para modernizar y promover el turismo ferroviario. -
En 2014, el Tren Crucero fue galardonado con el premio al "Mejor Producto Turístico fuera de Europa" en la feria de turismo de Berlín (ITB). -
Debido a la pandemia de COVID-19 y las consecuentes restricciones de movilidad, las operaciones del ferrocarril fueron suspendidas temporalmente. -
A fecha de 2024, los trenes siguen sin funcionar y siendo la vía férrea se ha visto afectada por las lluvias, la maleza y el vandalismo.