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Primer Gobierno de Flores
Su primer gobierno fue difícil: en 1831 enfrentó con éxito una rebelión de Luis Urdaneta y en 1832 libró una guerra con Colombia, que no estaba dispuesta a perder un pedazo de su territorio sin oponerse. En 1833 castigó con dureza a varios batallones alzados y golpeó con mano de hierro a los ideólogos llamados utilitaristas. Además, le tocó enfrentar al que fue su vicepresidente, Vicente Rocafuerte, y desbaratar la denominada Revolución de los chihuahuas (1832-1834), y así evitar una secesión -
Gobierno de Rocafuerte
Tras su mandato entre 1835-1839, fue gobernador de Guayaquil, fue diputado en representación de varios sectores del país, conformó la convención nacional que redactó la constitución de 1843, y participó en varias conspiraciones contra Flores, en especial para la Revolución marcista en 1845. Después de la caída definitiva del floreanismo, fue nombrado como representante del Ecuador en varios países sudamericanos. Murió en Lima, teniendo el cargo de ministro plenipotenciario del Ecuador en Perú. -
Segundo gobierno de Flores
Flores ofreció al Congreso y a la Nación respetar la libertad de las personas y de la prensa, no desterrar a nadie, dar impulso a la política exterior, seguir la obra educativa de Rocafuerte y observar una conducta "franca y moderada, firme, imparcial y justa". Con esta oferta se indicaba en el éxito administrativo y civilizador de Rocafuerte y, a la vez, se apeaba de la mala fama del Rocafuerte implacable y duro. -
Tercer Gobierno de Flores
En su tercer mandato logra leyes monetarias y enfrenta a falsificadores de la moneda oficial. Como presidente también promueve una constituyente y aprueba la Constitución de 1843, donde logra pasar un articulado que garantizara su reelección. Impone nuevos impuestos que favorecen a la oligarquía de la Sierra en contra de los de Guayaquil. También construye escuelas públicas donde los hijos de los indígenas, esclavos y pobres mestizos pudieran estudiar gratuitamente.
